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他在著名的《驳康有为论革命书》一文中提出了“竞争生智慧、革命开民智”
的命题，明确地把革命的观念包含在进化论之中，使他的哲学体系深深地打上了唯物主义进化论的烙印。
章太炎在论述对宇宙和自然界的变化过程中具有唯物主义的进化论思想。
他在《訄书·天论》中提出了“视天”
之说，后来在《儒术真论·视天论》中又加以发挥说：“昔余尝持视天之说，以为远望苍然者，皆内蒙于空气，外蒙于阿屯、以太而成是影，非果有包于各耀而成太圜之体者也。”
在章太炎看来，天并不是有形质的实体，在无边无际的宇宙中包含有无数的恒星，恒星之外又有行星围绕着转动，而这些星球都是由“阿屯、以太”
构成的，苍然的天则是由星云聚合所致。
这就好像太阳光为水汽折射，人看见彩虹，就给以“虹霓”
的名称，其实并没有“虹霓”
之实体。
在这以前，谭嗣同讲宇宙论，将“以太”
与孔子的仁、佛教的性海、基督教的灵魂相比附，而章太炎不同意这种说法，他认为“凡物之初，只有阿屯，而其中万殊”
，“以太即传光气，能过玻璃实质，而其动亦因光之色而分迟速，彼其实质即曰阿屯。
……阿屯亦有形可量，以太流动虽更微于此，而既有迟速，则不得谓之无体”
[116]。
这就是说，天地间万物都是由“阿屯”
和“以太”
构成的，“阿屯”
是有形体可以量度，“以太”
虽比“阿屯”
更微小，但它作为传播光的媒质，其弹性振动既有快慢之分，也有形成可以量度。
而佛教所谓性海则是精神的东西，“无秋毫之微、芦苻之厚”
，不可量度。
在此基础上，章太炎进一步认为基督教中的上帝创世说是不可信的，他说：“夫非有上帝之造之，而物则自造之，故曰咸其自取，怒者其谁耶？”
[117]在形神关系上，生命、精神不是上帝所赐予，生命是蛋白质、原生质的属性，精神依存于形体，离开了精气就没有神识，“精气相离而死，则神亦无存”
，“夫焉有精化既离，而神识能独立者乎”
[118]。
在这里，章太炎以近代自然科学为基础进一步发挥了中国传统的“神灭论”
观点。
章太炎认为既然形体已灭，那么精神也随之灭亡，证明了人死以后不能变鬼神，否认了鬼神之说。
他说：“人死而为枯骼，其血之转磷成为茅搜，其炭其盐或流于草木，其铁在矿，其肌肉或为虫蛾蛰豸。”
[119]由此说明人死之后形体转化为无机物或其他有机物，并无变鬼变神之转化。
章太炎基本上吸取了牛顿力学的宇宙论，而又使之常有泛神论色彩。
他说：“各原质皆有欲恶去就，欲就为爱力、吸力，恶去为离心力、驱力。
有此故诸原质不能不散为各体，而散后又不能不相和合。
夫然，则空气金铁虽顽，亦有极微之知”
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