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中国封建社会往往在天灾之后会出现大的疫情，封建统治者会将这些情况与“天谴”
“气数”
“天道轮回”
挂钩，其实这一系列的灾害都是有内在联系的。
明末首先出现了大面积、长时间的自然灾害与病虫害，从根本上破坏了农业体系，其结果就是人们长期处于饥饿状态，这种情况下人的各项器官活动强度会明显降低，代谢水平下降，所以容易感染疾病。
这还不是最重要的，灾害导致的饥饿往往造成了大量的流民和叛民，从而引发兵祸。
灾害和兵祸造成的人牲死亡，尸体往往得不到及时处理，使病菌继续污染食物和水源，同时老鼠、跳蚤等害虫还会大批量地携带病菌，增加了传染媒介。
对于明末大疫病的流行，吴又可创新性地认识到了关于控制传染媒介的重要性，创立了“温疫”
学说。
他认为当时的疫病不是个体本身造成的，而是通过空气传染的，人对不同的病原体的适应性、抵抗力都不同。
一旦相互接触就会传染，带来意外的灾难。
他认为疫病“自口鼻而入”
，并总结出一套切实可行的救治办法——提倡病患“戴口罩”
和“隔离”
。
吴又可于1642年写成《温疫论》一书，领先西方的疫病学说二百年。
历经长达半个世纪的蜀乱，昔日的天府之国已经成为一片废墟。
人口的锐减不再累述，就连四川境内的文明也毁于一旦。
彼时成都街巷尽毁，城内百草丛生。
成都一些水井之中水已枯竭，塞满人骨。
四川境内千里无人烟，无鸡鸣犬吠，虎啸狼吟响于耳边。
偶见一人，也是“断手瞎眼”
，不成人状。
介于四川破坏之大，康熙二十二年（公元1683年）至乾隆六十年（公元1795年），清政府开始有计划地往四川移民，并且颁布“开荒即有其田”
等土地政策，由此开启了四川移民热潮。
其中湖北、湖南、广东、广西外来移民大约占了一半，湖北籍移民最多。
因为在当时交通不便的情况下，由湖北进入四川较为方便。
在一百多年的移民过程中，全国各省总共有一百多万人定居四川，为蜀地的重建贡献了巨大的力量。
而四川也逐渐在政治稳定、气候变暖的清朝中期慢慢恢复了天府之国的原貌。
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