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魏晋南北朝时期，药物学研究有了新的进展，这反映在药物学著作的大量出现上。
据《隋书·经籍志》载，这一时期大约出现了近30种共150卷的药物学专著。
其中，对后世影响最大的著作首推南朝名医陶弘景撰著的《神农本草经集注》。
陶弘景（456—536年），字通明，丹阳秣陵（今南京）人。
自幼酷爱学习，“读书万余卷，一事不知，以为深耻”
[38]，一生对“阴阳五行，风角星算，山川地理，方图产物，医术本草”
[39]都深有研究，著述多达数百卷。
魏晋以来，祸乱频仍，古籍多有散佚，最早的药物学专著《神农本草经》流传至南朝时仅存3卷，并且因为辗转传抄，药味时有增减，产生了不少错误，正如陶弘景所云：“魏晋以来……更复损益，或五百九十五，或四百四十一，或三百一十九，或三品混糅，冷热舛错，草石不分，虫树无辨，医家不能备见。”
[40]因此，他对《神农本草经》进行了整理，撰成《神农本草经集注》7卷。
同时，又汇集了汉魏以来医家新发现的365种药物，写成《名医别录》一书，也作为《本草经集注》的一部分。
《本草经集注》在流传过程中不幸散佚了，但从敦煌石窟的残卷和后代著作所摘引的内容来看，此书具有很高的学术水平和实用价值。
书中共收药物730种，比之《神农本草经》增加了1倍。
为了区别原书记载的药味和新加入的药味，陶弘景用朱红色字书写原药味，而用黑色字书写新加入的药味。
这种方法不仅新颖醒目，而且反映了他对新增内容的态度是十分慎重的。
陶弘景在药物的分类方面也独创一格。
《神农本草经》仅依药物的性质分成上、中、下三品，这是一种很原始的分类方法，既不容易掌握药物的特性又难于寻检。
陶弘景则按照药物的天然来源将其分成玉石、草木、虫鱼、禽兽、果菜、米食及有名无用7大类。
这种分类方法比较科学，在我国药物学史上有着深远的影响，我国第一部国家药典《唐新修本草》基本上是按照这个方法来分类的，甚至明代李时珍的《本草纲目》也没有脱离这种分类方法的范围。
此外，陶弘景还首创了按疾病进行药物分类的方法，他把这种分类法称为“诸病通用药”
法。
在书中，他把药物依病分成80多类，为医家临床开方提供了便利，也有利于医药的普及推广。
《本草经集注》在药物的性味、效用及形态、采集、鉴别等方面也有诸多新论述。
按当时的说法，药有五味：酸、咸、甘、苦、辛，但因此说勉强和阴阳五行说硬性联系，故出现了许多不符合实际的情况。
陶氏主张以临床经验为主，重视药性而不盲从药味，他把药物的药性更细致地分为寒、微寒、大寒、平、温、微温、大温和大热8种，使人们对药性的认识前进了一大步。
他还在书中明确指出：药物的疗效和采集的季节、产地等有关系，并考订了古今药用的度量衡，规定了汤、酒、膏药及丸散的制作规程，这在药剂学上也有着巨大的价值。
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