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同时，因为阴阳学说对于众多复杂的化学变化来说过于简单，所以，这种具有创造性的学说在炼丹活动的实践中未能得到科学的发展。
尽管炼丹术的指导思想中有上述合理部分，遗憾的是，经过无数实践，炼丹家们既没有从成功或失败的千万条记录中总结出经验教训，又没有深入研究物质变化的规律，因此也未能提出科学的化学元素观点，导致了炼丹术发明多而进步少，能创造却缺乏改进，不能发展到近代化学科学。
较之炼丹术的理论，我国古代炼丹的方法和设备为早期化学的发展做出了更大的贡献。
炼丹的方法有火法和水法两种。
火法炼丹主要是带有冶金性质的无水加热法，具体包括煅（长时间高温加热）、点（加少量药剂使较大量别的物质起化学反应）、伏（加热使药石变性）、飞（高温下升华）、炼（干燥物质的加热）、炙（局部烘烤）、抽（蒸馏）等方法。
火法炼丹的主要设备有丹炉、丹鼎、石榴罐、坩埚子、抽汞器等。
丹炉也称丹灶，燃烧木柴或木炭作加热用，内置丹鼎，起着反应室的作用，药石在丹鼎内受热熔化起化学变化或直接升华。
丹鼎，最早用土釜，后用砂合子铸造，亦有用金属器鼎的。
石榴罐和坩埚子是蒸馏器的上下两部分。
抽汞器则是一种用于从朱砂中提取丹汞的蒸馏器。
水法炼丹是应用溶解的方法使药物起化学反应，其主要设备是华池，起溶解槽的作用。
炼丹所用的实验器具都是化学发展初期所必需的仪器。
至于炼丹所用的药物，据不完全统计，大约包括60余种矿石和100多味草木药。
炼丹家们通过反复的实验和研究，对这些药物的性质已经有了比较深刻的认识。
二、“穷九丹之秘术”
的大炼丹家葛洪
在我国历代炼丹家当中，最著名的要数晋朝的葛洪了。
他承袭早期的炼丹理论，并结合儒家和道家的思想，留下了完整的炼丹术著作，是我国炼丹史上承前启后的人物。
葛洪的生平在前文中已经详细叙述过了，在这里需要强调指出的是，他不仅对我国古代医学的发展做出了巨大的贡献，而且在我国化学科学史上也占有重要地位，他所掌握的化学知识之丰富，在当时是无人能及的，其富于鼓动性的文笔也替炼丹术做了大量的宣传，我们要研究炼丹术中的化学知识，就不得不提到葛洪及其著作。
《抱朴子》是葛洪最主要的炼丹著作，分内篇和外篇。
内篇言神仙方药和炼丹术，外篇则完全讲的是儒家应世之道，与炼丹没有关系。
《抱朴子·内篇》共20卷，其中有数卷讲所谓“道”
的基本理论，有数卷反复说明神仙的存在，还有几卷讲游山玩水和画符驱鬼的事情，讲到炼丹方法的只有“金丹”
、“仙药”
和“黄白”
3卷。
其中，“仙药”
卷主要是谈植物药物，其他两卷专论炼丹的理论和方法，是研究古代炼丹术的主要资料之一。
在“金丹”
卷中葛洪写道：“丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂”
，表明他已经注意到硫化汞加热后发生的化学变化，他大概自己做过这样的实验。
由硫化汞制水银，我国最晚于战国末期就已经知道了，但葛洪才是最早详细记录这种化学反应的人。
此外，他在书中所用的“积变”
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