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他的这一转变，不仅是政治立场、政治思想的重大变化，也是哲学思想上的重大转折，即从渐变的进化论转变为革命进化论。
在从兴中会成立，开始发动反清武装起义时起，到1911年推翻清王朝的十余年间，孙中山把主要精力都放在革命活动方面，无暇系统地构筑自己的哲学思想理论，但他的哲学思想，即革命进化论，随着民主革命实践的发展而不断深化，在中国的思想界，尤其在革命党人中间产生了深远的影响。
在此期间，反映他哲学思想的文章主要有：《敬告同乡书》《驳保皇报书》《支那问题真解》《在东京中国留学生欢迎大会的演说》《民报发刊词》《在东京〈民报〉创刊周年庆祝大会的演说》及《平实尚不肯认错》等。
在孙中山的思想中，达尔文进化论占有十分重要的地位。
孙氏自谓：
文早岁志窥远大，性慕新奇，故所学多博杂不纯。
于中学则独好三代两汉之文，于西学则雅癖达文之道（Darwinism）；而格致政事，亦常浏览。
至于教则崇耶稣，于人则仰中华之汤武暨美国华盛顿焉。
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然而，晚清有不少讲进化论者把自然之进化与社会之进化混为一谈，尤其在改良派中更是大有人在。
对此，孙中山作了理论上的澄清。
他在驳斥平实的文章中指出：
尔云：“将人群家国之事，无不纳于天演自然之中。”
尔于天演下加多“自然”
二字，以为尔之说可完，而不知“天演”
二字之原文为Evolution。
此字有数意，兵式操演之“演”
亦名曰Evolution。
译者（案：指严复）乃海军学生出身，惯于操演之事，先入为主，故译Evolution为“天演”
。
而平实今欲文其错，并加以“天演自然”
四字为一名辞，以辨其“人事即天然为不错”
。
其实，Evolution在赫胥黎之书应译为“进化”
乃合，译为“天演”
则不合；以进化一学，有天然进化、人事进化之别也。
若曰天然“天演”
、人事“天演”
则不合也，因人事进化与天然进化有相因的，亦有相反的也。
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在这里，他不仅纠正了国人在翻译介绍进化论中的不当之处，而且还指出人事进化与天然进化的区别，批评了对进化论的庸俗理解。
“人事进化与天然进化”
为什么会有不同呢？孙中山论证道：
夫人之初生，穴居野处，饥食自然之果实，渴饮自然之泉源，此所谓自然人；今南洋之海岛犹有存者。
熙熙嘷嘷，无思无为，如中国古语所谓“无怀氏之民”
“葛天氏之民”
也。
此自然人之时代，固无所谓理乱兴衰之时势也。
及其进化也，由猎而牧而耕而织，于是有夏葛而冬裘，暑扇而寒火，则人事进化矣。
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