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镇守军体制跟卫所不同，军官不是百户、千户，而是总兵、副总兵（副将）、参将、游击等衔。
军队编制也恢复了宋以前汉人军队的旧制，以50人为队，队有管帖；500人为司，司有把总；两司为1哨，哨有千总；3哨为1营，营则是镇军的基本单位。
跟卫所制度最根本的不同是，镇守军的士兵基本上是招募的，所有的钱粮都需兵部供给，不负担屯田任务。
无论镇守，还是作战，往往是以单独的镇守军为单位行动的，需要组成大军的时候，就将几个或者十几镇的总兵，连同他们指挥的军队调到一起，而不是像对待卫所那样，将部队士兵打乱混编。
甚至在倭寇为患严重的时候，戚继光等人居然可以到特定地区，亲自招募那些最朴实的农民，练成一支绝对服从将领的“戚家军”
。
毫无疑义，这种镇守军的战斗力，显然要超过卫所军，不过在明朝末年，中央政府控制力减弱的时候，也的确出现了割据自雄的苗头。
事实上，对于一个以农民为主体的社会而言，采用草原军事制度是非常不合适的。
草原民族的军事行动不需要后勤供给，部落赶着畜群一起行动就是。
可是农业民族的军队必须有后勤供给，遇有战事，往往是兵马未动粮草先行，供应粮草的队伍几乎跟作战部队一样多。
在卫所制度下，军队战时的后勤供应是两套体制，即部分由屯垦的卫所和地方供应，部分由兵部供应，结果往往系统紊乱。
不是供给重叠，就是供应不上，关键是少慢差费，效率极低。
所以，这样的兵制，跟朱元璋当年设计的初衷正好相反，不仅没有节省开支，提高战斗力，反而既浪费资源，又削弱了战斗力。
2．明朝的中央军制
明朝中央军分为两个部分，一是京营，二是亲军。
京营是首都的卫戍部队，明初因平时归五军都督府管理，因此被称为“五军营”
。
朱棣上台之后，亲征蒙古，嫡系军队分为左右哨和左右掖和中军五部分，形成新的“五军营”
。
除此以外，还有以3000边外降卒为基础建立的“三千营”
和以火器装备的“神机营”
，这就是京师的“三大营”
。
除了常设的京营之外，各地还要派卫所的军队到北京来轮流宿卫，有时也算在中央军的范围。
三大营体制确立后，五军都督府虽然还在，但已经形同虚设。
亲军属于皇帝的亲卫部队，由皇城守卫部队、禁兵和锦衣卫组成。
其中，锦衣卫还兼管巡查缉捕，是直属皇帝的特务组织。
禁兵则由精选的武艺高强、身强力壮的汉、蒙、回等民族的3000余勇士组成，编制是“四卫”
（腾骧和武骧各2卫）和“勇士营”
，直属于大内的御马监，是皇帝的贴身护卫。
中央军的兵力居全国之冠，多的时候达到60多万人，少时也有20多万。
出征和镇压国内叛乱，京营应该是主要力量，但事实上，京营力量并不强。
京营的士兵，同样面临着官方的劳役、将领的使役，同时，士兵地位过低，既不能脱籍参加科考，又很难通过战争晋升，所以往往精壮者逃亡，老弱者留营。
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