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据《隋书·经籍志》记载，东汉时都城洛阳国家藏书数目很大，“《石室》、《兰台》，弥以充积”
，然而“董卓之乱，献帝西迁，图书缣帛，军人皆取为帷囊。
所收而西，犹七十余载。
两京大乱，扫地皆尽”
。
曹魏、西晋两朝惨淡经营，采掇遗亡，汇集新作，国家藏书又达29945卷。
晋末大难，“京华**覆，《渠阁》文籍，靡有孑遗”
。
东晋南朝时期，经过历代学者的努力，国家藏书规模空前，仅梁末元帝迁都，由建康带到江陵的图书就有七万余卷。
但“周师入郢，咸自焚之”
，宝贵的文明成果再遇浩劫。
十六国北朝时期，北方地区的图籍长期严重残缺。
待魏孝文帝提倡文治，“借书于（南）齐，秘府之中，稍以充实”
。
以后又遇变乱，元气大伤，周灭北齐时，两国藏书加在一起不过15000卷。
作为文化创作和传播更重要载体的知识分子，在魏晋南北朝时期命运也特别乖舛。
许多士人被战火、饥馑、疾疫夺去生命，还有的成为统治阶级内乱的牺牲品，或惨死在异族统治者的屠刀之下。
侥幸保存性命者，也饱尝流徙逃亡和铁蹄践踏之苦。
同时，原有的主导文化逐渐失去权威。
一种相对稳定的主导文化，总要与同样相对稳定的社会环境相适应。
两汉时期神学化的儒学所以长期处于独尊地位，也是和它适应汉帝国大一统专制集权制度的需要分不开的。
汉武帝时，董仲舒借用阴阳家的理论，对儒学进行神秘主义改造，创立了一整套天人合一的宇宙观和政治论。
以后又在统治者的主持下不断完善，实行谶纬化，使本来作为文化一脉的儒学在政治意识形态领域里具有类似宗教的约束力。
但是随着分裂割据取代了大一统，汉代儒学一尊地位的政治基础出现危机，传统的价值观逐渐变异。
于是，一部分士人开始对于名教之治基石的“三纲”
产生了较深的疑惑。
否定君臣之义、父子之伦，以及夫妻之间不拘礼法的言论和行为，颇行于世。
儒学在魏晋南北朝时期地位的衰落，就在于它过分依赖两汉社会的政治权力。
这种受权力支配的学术处处委身于政治规律，自然也承受不起任何巨大的社会变动。
汉代儒学在被统治者推向极致后，逐渐出现两种弊端：一方面因过分的章句推演而导致繁琐穿凿；另一方面则因灾异学说和图谶纬书的缠绕堕落成粗糙庸俗的神学。
繁琐穿凿使人不得要领，易生厌烦；神学粗糙必然破绽百出，欺骗性很差。
于是，从东汉后期起一批学者改弦更张，或对儒学本身进行清理，或援入道家的思想对儒学进行再造。
著名学者郑玄兼综诸家，遍注群经，对混乱的汉代经学做了一番总结性的清理，为后世解经奠定了正例。
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