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从撰写体例上看，打破了传统学术史以儒学为重点，以人物学派为中心的旧体例，把诸子百家的研究纳入近代学科分类的框架之中，变“以人为主”
为“以学为主”
。
在此以前，中国学术思想史著作多以黄宗羲的《明儒学案》一书为范例，其写法是以王朝兴替为断限，以人物为中心，以学派源流为线索来撰写。
这种写法虽然长于表现个别学派和学者个体的情况，但却难于从整体上反映思想学术的变化规律和特点。
刘师培的《周末学术史序》则打破了旧学术史的体系，把先秦诸子纳入近代学科分类体系之中。
他在书中开列的学科计有心理学、伦理学、论理学、社会学、宗教学、政法学、计学、兵学、教育学、理科学、哲理学、术数学、文字学、工艺学、法律学、文章学等16门。
他认为，近代的这些学科在中国先秦时代早已齐备，并均有系统研究，有些学科的研究达到一定的深度。
如心理学“唯孔子性近习远之旨立说最精。”
[106]伦理学方面，墨家、老庄、杨朱、韩非子、商君、管子等都有创见，但“汉魏以降，学者侈言伦理，奉孔孟为依归，视诸家为曲说，故诸子学术湮没不彰，亦可慨矣。”
[107]刘师培最推崇荀子的名学思想，认为它已经具备了归纳逻辑法与演绎逻辑法：“归纳者即荀子所谓大共也，故立名以为界。
演绎者即荀子所谓大别也，故立名以为标。”
[108]在政治学方面，儒家“以德为本，以政刑为末，视法为至轻”
，把权力集中于君主一人之手，而又不以法律加以限制，是“不圆满之政法学也”
，不足为训。
墨家主张平等，“较之儒家，其说进矣。”
法家“虽以主权为君，然亦不偏于专制。”
[109]在经济学方面，他最赞同管子的“贷国债”
“税矿山”
的主张，认为这与西方国家“所行之政大约相符”
，是先秦诸子各家中唯一“以富民与富国并重者。”
[110]总之，刘师培的分析论述贯彻了反封建的民主精神，对儒家学说中的敬天法祖、尊君崇上、重本抑末、禁私禁欲等观念进行了鞭挞，而对诸子百家中带有进步性、民主性的思想因素予以充分的肯定，高度评价了墨家的“兼爱”
思想、道家藐视权贵的精神及管子富国富民主张，为诸子学研究作出积极贡献。
从研究方法上看，新派学者除了使用传统学术的研究方法对诸子学典籍进行考证外，还采用了近代科学方法，如比较法等开展研究。
梁启超在《论中国学术思想变迁之大势》一文中，把中国学术与古希腊、古印度的学术作了比较，指出：“以地理论，则中国、印度同为东洋学派，而希腊为西洋学派；以人种论，则印度、希腊同为阿利物族学派，而中国为黄族学派；以性质论，则中国、希腊同为世间学派，而印度为出世学派。
故三者互有其相同之点，相异之点。”
[111]这些论述虽然流于肤浅，但都是用比较法研究中国学术的最初尝试，具有学术上的开拓意义。
对于先秦诸子学的研究，他也将其优缺点进行比较，从中得出总体性的结论。
他把先秦学术归纳为五点长处和六项弱点。
五点长处是：“国家思想之发达”
“生计问题之倡明”
“世界主义之光大”
“家数之繁多”
“影响之广远”
。
其六项弱点是：“论理思想之缺乏”
“物理实学之缺乏”
“无抗论别择之风”
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